専門家グループ制度は、河川管理者が「淀川水系河川整備計画」に係わる調査や事業を実施・検討する際等に学識経験者の指導・助言を得るべく作られた、河川管理者の相談役（知恵袋）制度です。

「水陸移行帯」と呼ばれる、水位の変動によって水中に沈んだり陸になったりする場所は、フナやコイなどにとって格好の産卵・成育の場です。水陸移行帯と生態系の関係の調査を継続し、魚のふ化・成育環境をまもるための洗堰操作を行なうとともに、専門家によるワーキンググループを設け、調査・検討を進めています。

南湖再生ワーキンググループの取り組みについて、平成19年5月17日に平成19年度南湖再生ＷＧ（第1回）の会議を開催しました。
    南湖再生の一つとして、水草異常繁茂対策が掲げられており、滋賀県と琵琶湖河川事務所により「水草繁茂に係る要因分析等検討会」が平成20年6月30日に設置され、5回の検討会を実施し、「検討会のまとめ」が平成21年3月30日に公表されました。

　近年、宇治川では護岸に白い帯が観測され、塔の川では泡状物質の発生が見られるなど、河川景観として好ましくない状況にあります。これらの発生原因について研究及び対策検討を進め、ひいては塔の島地区の河川環境の改善に向けて、当該地域の地元関係者、学識経験者及び関係行政機関を主体に構成する組織の方々によって「塔の島地区環境問題対策研究会」を設立することになりました。

「川の通信簿」の結果を掲載しています。「川の通信簿」とは、河川空間の親しみやすさについて満足度を、定期的・継続的に住民のみなさまと共同で評価し、これを踏まえ良好な河川空間の保全、整備を図ることを目的としたものです。

琵琶湖における水質調査などの情報を掲載しています。

瀬田川・野洲川の環境や、水のめぐみ館アクア琵琶のパンフレットを紹介しています。

琵琶湖河川事務所では、水辺(内湖)再生のモデルとして、実験的に家棟川河口でビオトープ整備事業を実施しています。